Die Bodensee-Stiftung ist eine projektorientierte Naturschutzorganisation. Sie repräsentiert den Bodensee im globalen Seennetzwerk Living Lakes. Sie ist 1994 aus dem "Bodensee-Umweltschutzprojekt" der Deutschen Umwelthilfe hervorgegangen. Stifter sind folgende Umweltorganisationen:
- Pro Natura Schweiz
- World Wildlife Fund für Nature Schweiz (WWF)
- Österreichischer Naturschutzbund (ÖNB)
- Naturschutzbund Deutschland (NABU)
- Bund für Umwelt und Naturschutz Deutschland (BUND)
- Deutsche Umwelthilfe (DUH)

Die Geschäftsstelle befindet sich in Radolfzell. Dem Stiftungsbeirat gehören 20 Umweltschutzorganisationen aus drei Ländern an, die regelmäßig als Umweltrat Bodensee zusammenkommen. Als Stiftung bürgerlichen Rechts kann die Bodensee-Stiftung ohne strenge Bindung an politische und administrative Zuständigkeiten agieren und kooperieren. Die partnerschaftliche Arbeit mit kleinen und mittleren Wirtschaftsunternehmen sowie Behörden und Interessenverbänden wird dabei besonders gepflegt.

Die Stiftung setzt sich für nachhaltige Wirtschaftsweisen in der internationalen Bodenseeregion und darüber hinaus ein. Ihre Handlungsfelder sind:
- kommunales Nachhaltigkeitsmanagement
- Unternehmen und Biologische Vielfalt
- Natur- und Gewässerschutz
- Landwirtschaft und Klima
- Energiewende